基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

利用下一代测序和生物信息学分析的小 RNA 文库发现新型柑橘麻风病毒细胞质型 2的案例研究

Avijit Roy、Jonathan Shao、John S Hartung、William Schneider 和 RH Brlansky

被称为“下一代”测序 (NGS) 的创新测序技术的出现，提供了一种无需先验知识即可识别“未知的已知”和“未知的未知”病毒病原体的新方法。即使在受感染宿主中滴度极低的情况下，也可以快速确定植物病毒的基因组。该方法基于对 RNA 沉默宿主防御产生的 18-35 个核苷酸长度的小 RNA 分子群进行大规模并行测序。化学、生物信息学工具的改进和工程学的进步降低了 NGS 的成本，提高了其可及性，并使其能够应用于植物病毒学领域。在这篇评论中，我们讨论了利用 Illumina GA IIX 平台结合分子生物学和生物信息学工具来发现一种新型细胞质柑橘麻风病毒 (CiLV)。这种新病毒产生了 CiLV 的典型症状，但未通过先前描述的病毒的血清学或基于 PCR 的检测检测出。新的病毒基因组也以低滴度存在于甜橙（Citrus sinensis）中，甜橙是一种重要的园艺作物，基因组资源不完整。这是园艺研究中的常见情况，也是这种方法更广泛应用的一个例子。除了发现新病毒外，序列数据可能还有助于研究病毒进化和生态学以及病毒与宿主转录组之间的相互作用。