基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

基于距离和特征的人类疱疹病毒衣壳蛋白系统发育树的计算分析

维潘·库马尔·索帕尔、阿普尔巴·戴伊和阿玛帕尔·辛格

分子系统发育是进化分析的一个基本方面，依赖于基于距离和特征的方法。在本文中，我们比较了 HHV 的病毒衣壳蛋白，以使用替代模型、穷举搜索的系统发育模型和 ME 方法来分析蛋白质之间的关系。我们还分析了形状参数的泊松校正对 NJ 和 UPGMA 树的影响。我们通过大量的计算机模拟表明系统发育树是替代距离的反映。我们还讨论了最大-最小分支定界法和最小最小启发式模型以及基于特征的树相关的对数似然的影响。我们应用 ML 和 MP 来完美分析蛋白质关系。我们得出结论，替代模型、形状参数、搜索级别和 SBL 在重建系统发育树中起着至关重要的作用。分子钟研究表明，与远亲蛋白质相比，近亲蛋白质的 χ2 值更高。