基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

计算机识别、表征和分析 Amborella Trichopoda 中保守的 miRNA 及其靶标

Hajieghrari B、Farrokhi N、Goliaei B 和 Kavousi K

微小RNA（miRNA）是长约22个核苷酸的单链非编码内源性小RNA，直接参与转录后水平的基因表达调控。miRNA在发育和对生物和非生物胁迫的反应中起着关键作用。同源性搜索可以识别新的miRNA，因为它们在植物物种中的保守性相对较高。这里，我们识别了Amborella trichopoda的miRNA。对来自miRBase的已知和独特植物miRNA与A. trichopoda中的表达序列标签（EST）和基因组调查序列（GSS）进行BLAST搜索。通过一系列miRNA过滤标准筛选出所有具有适当折回结构的候选序列。最后，我们识别并分析了属于来自EST的5个miRNA基因家族的5个潜在保守miRNA的保守性，以及来自GSS的82个新识别的miRNA依赖的39个miRNA家族。使用 psRNATarget 对照 A. trichopoda 基因组序列的支架分配，根据已识别 miRNA 的序列与相应 miRNA 的互补性来识别其潜在靶基因。总共识别出 A. trichopoda 基因组中的 1219 个靶位点。其中，941 个（77.19%）预测为 miRNA 切割的对象，278 个（22.81%）支架通过 mRNA 的翻译抑制进行调节。在预测的 miRNA 中，18 个在 A.trichopoda 中没有靶序列。