生物能量学：开放获取

抽象的

柠檬酸循环第一步乙酰辅酶 A 和琥珀酰辅酶 A 竞争性抑制的计算见解

萨拉姆·普拉迪普·辛格和博林·库马尔·康瓦尔

柠檬酸循环包括各种化学反应，所有需氧生物都需要柠檬酸循环来产生 ATP。本研究重点关注柠檬酸合酶的竞争性抑制 - 柠檬酸循环的第一步。已知的柠檬酸合酶天然底物是乙酰辅酶 A。最初，第一个底物草酰乙酸与柠檬酸合酶结合，然后诱导酶改变其构象，从而为乙酰辅酶 A 产生结合位点。也有几份报告称柠檬酸合酶被琥珀酰辅酶 A 抑制，琥珀酰辅酶 A 类似于乙酰辅酶 A 并充当竞争性抑制剂。因此，本研究涉及柠檬酸合酶活性位点的两种底物即乙酰辅酶 A 和琥珀酰辅酶 A 的分子对接模拟研究，以了解对这两种底物的竞争性抑制的见解。最后，我们还对乙酰辅酶 A和琥珀酰辅酶 A
进行了密度泛函理论 (DFT) 分析，以了解可能导致竞争性抑制的原子电荷。分子对接得分和相互作用能表明乙酰辅酶 A 与琥珀酰辅酶 A 表现出竞争性抑制，且能量有利。此外，DFT 研究揭示了原子水平上竞争性抑制的合理原因。