生物化学与分析生物化学

抽象的

还原嗜肺军团菌MurB酶的对接和分子动力学模拟，用于潜在的原型设计

Vani Priyadarshini、Dibyabhaba Pradhan、Manne Munikumar、Amineni Umamaheswari、D Rajasekhar 和 PVLN Srinivasa Rao

嗜肺军团菌是军团病、肺炎和危生命的人工膜心内膜炎的之一。MurB还原酶是壁成分肽酶生物合成的重要酶，被确定为对抗引起感染性心内膜炎的胡萝卜素（包括嗜肺军团菌）的常见药物靶点。MurB还原酶与FAD一起充当辅因子，催化NADPH依赖的UDP-N-乙酰丙酮乙酰氨基（UDP-GlcNAcEP）为还原UDP-N-甲状腺胞壁酸。在本研究中，使用Maestro v9.2虚拟筛选工作流程中实施的Glide v5.7顺序协议，将360个FAD结构类似物与嗜肺军团菌的MurB还原酶对接通过对接分析获得的七个先导物中，仅观察到lead1 (XPGscore -13.27Kcal/mol)对MurB还原酶的结合亲和力刺激辅因子FAD (XPG分数-13.25Kcal/mol)。MurB 还原酶-lead1 对接复合物的分子水平响应与 MurB 还原酶-FAD 复合物显示出良好的相关性。此外，使用 Desmond v3.0 对 MurB 还原酶 - Lead1 复合物对接物进行了分子动力学模拟，以揭示对接复合物在不同时间刻度上溶液中的自然动力学。MurB酶还原-lead1复合物的分子动力学模拟显示了对接物的稳定性。