血液疾病与输血杂志

抽象的

抗结核分枝杆菌（Mtb）潜在药物Paritaprevir的对接分子分析

伊万·维托·法拉利*、保罗·帕特里齐奥

结核分枝杆菌 (Mtb)是结核病的病原体，每年导致 180 万人死亡。这是一种传染病，通常影响肺部，但也可能影响身体的其他部位。Mtb RNA 聚合酶 (RNAP) 是一线抗结核药物利福平 (Rif) 的靶点。我们首次报告了一种针对严重传染病的潜在药物 Paritaprevir，通过计算机模拟方法，使用 Auto dock Vina 和 Auto dock 4（或 MGL 工具），使用 Pyrx 和 AM Dock 软件进行估算，计算出三个不同的重要参数：结合亲和力（kcal/mol）、估计 Ki（以 nM 为单位）和配体效率（LE 以 kcal/mol 为单位）。使用 Pyrx（一种用于计算药物发现的虚拟筛选软件）对蛋白质的配体结合位点（ID PDB 5UHB 链 C，DNA 指导的 RNA 聚合酶亚基 β）中的 1000 多种药物进行选择性分析后，我们注意到 Paritaprevir 上述 3 个参数的值很高，得出结论，它可能是此类感染的优秀候选药物。事实上，从使用拉马克遗传算法 LGA 通过 AM Dock 软件实现的 Auto dock Vina 和 Auto dock 4（或 Auto dock 4.2）的结果来看，这种口服药物于 2014 年获得 FDA 批准，无论是通过 Auto dock Vina 还是 Auto dock Vina 4 都具有出色的结合亲和力值，约 -10.00 kcal/mol，Ki 值为 40 nM，配体效率约-0.15 kcal/mol。这些结果与目前用于治疗TBC的上述蛋白质结晶药物相当。