水产养殖研究与发展杂志

抽象的

Gene2Path：一种通过自动搜索直系同源基因研究鱼类基因通路的数据分析工具

纳塔利娅·巴列斯特罗斯、内斯托尔·阿吉雷、胡里奥·科尔、萨拉·佩雷斯-普列托和西尔维娅·罗德里格斯·圣-让

大部分来自生化和分子实验的基因调控途径数据都来自人类或常用作实验动物模型的物种。因此，基于特定基因识别码 (ID) 或登录号 (AN) 分析这些数据的软件包不易应用于基因组水平上特征较少的其他生物。在这里，我们开发了 Gene2Path 程序，该程序会自动搜索途径数据库，以独立的、物种特异性的方式分析微阵列数据。我们已使用从免疫靶向虹鳟鱼微阵列获得的数据说明了该方法，以搜索为其他众所周知的生物物种（例如斑马鱼）定义的直系同源途径，尽管该软件可以应用于任何其他案例或感兴趣的物种。脚本和程序可在“GENE2PATH”网站 http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi 上免费获取。软件包提供了用户指南和示例。 Gene2Path 软件可以自动搜索 NCBI 数据库，并基于图形网络环境直接可视化检索到的数据。