致癌与突变杂志

抽象的

IRF1 结合位点的全基因组鉴定揭示了细胞死亡相关基因的广泛占据

亚历山德罗·雷蒂诺和妮可·M·克拉克

IRF1 是一种参与干扰素信号传导的转录因子，已被证明具有肿瘤抑制活性。为了全面识别由 IRF1 调控的通路，我们使用染色质免疫沉淀法，然后进行大规模平行测序 (ChIP-seq) 来评估全基因组范围内 IRF1 的基因靶标。我们在乳腺癌细胞中发现了 17,416 个总结合事件。IFNgamma（干扰素-γ）治疗后结合位点的功能分类确定“细胞凋亡”或“细胞死亡”是最富集的靶标过程。IRF1 结合的染色体区域的基序发现分析确定了许多与细胞凋亡、DNA 损伤和免疫过程相关的独特基序。对 IRF1 转导细胞或 IFN-γ 处理的成纤维细胞的 GEO 转录组数据的分析表明，IFN 处理的细胞中 IRF1 结合的靶标与积极的转录反应有关。表达分析中富集的许多靶基因与细胞凋亡有关。重要的是，这些数据表明 IRF1 的一个重要功能是调节抗癌细胞凋亡途径，这强化了 IRF1 作为肿瘤抑制因子的作用。