生物化学与分析生物化学

抽象的

细菌 Salinibacter Ruber、Chromohalobacter Salexigens 和 Rhizobium Etli 中密码子使用偏差和密码子上下文模式的全基因组相对分析

Mohammad Samir Farooqi、DC Mishra、Niyati Rai、DP Singh、Anil Rai、KK Chaturvedi、Ratna Prabha 和 Manjeet Kaur

密码子是生物体蛋白质合成过程中传递生物信息的基本单位。密码子使用偏差是指生物体中同义密码子的优先使用。这种同义密码子的优先使用不仅存在于物种之间，也存在于同一物种基因组内的基因之间。密码子使用模式的变化受自然过程控制，例如突变、漂移和压力。在本研究中，我们使用计算和统计技术来寻找 Salinibacter ruber（极度嗜盐）、Chromohalobacter salexigens（中度嗜盐）和 Rhizobium etli（非嗜盐）的密码子使用偏差和密码子上下文模式。除此之外，还研究了翻译氨基酸频率、有效密码子数和最佳密码子的组成变化。ENc 与 GC3s 的图表明，突变偏差和翻译选择都导致了这些密码子偏差的差异。然而，突变偏向是嗜盐菌（Salinibacter ruber 和 Chromohalobacter salexigens）中同义密码子使用模式的驱动力，而翻译选择似乎会影响非嗜盐菌（Rhizobium etli）中的密码子使用模式。相对同义密码子使用的对应分析表明，在所研究的细菌中，不同基因簇的数量不同。此外，这些细菌中的密码子上下文模式也存在差异。这些结果清楚地表明了这些细菌基因组中密码子使用模式的变化。