生物化学与分析生物化学

抽象的

大分子精制中的硒蛋氨酸处理

雅罗斯瓦夫·布瓦什奇克

在蛋白质数据库中，我们可以找到由硒衍生蛋白质确定的 X 射线结构，但令人惊讶的是，存储的坐标包含天然蛋氨酸。问题可能是由于在化学反应过程中，天然蛋氨酸没有完全被硒蛋氨酸取代。当晶体从这种样品中生长出来，然后进行 X 射线分析时，可能会显示部分天然硫的存在。本文讨论了如何处理硒蛋氨酸的精制。这项工作的目的是解释为什么硒蛋氨酸不能纯粹地精制为天然蛋氨酸，特别是在高分辨率确定的大分子结构中。这很重要，因为硒和硫是不同的化学元素。为了解释正确原子类型精制的重要性，作者提供了证据，主要从他之前报道的含硫或硒的小有机结构中收集。作者强调，含有硒的 X 射线结构永远不会与含硫类似物相同。它们至少在各自的键长上有所不同。两个公开的 X 射线结构已被重新细化，一个是小分子，一个是大分子，其中的原子类型被故意改变。化学上不正确的原子类型的细化产生了原子位移参数的非自然行为。作者得出结论，包含不正确原子类型的结构不能代表实验数据，而只能作为模型。PDB 中有一些例子表明，在未完全 Se-Met 衍生化的蛋白质中，硒代蛋氨酸可以以任意假设的分数（小于 100%）的占有率进行细化。这启发了作者对上述包含 S 原子的 Se-Met 结构进行各种重新细化。在这些重新细化中，以不同的方式处理硒代蛋氨酸，并比较结果。作者建议使用分数占有率细化化学身份硒和硫，作为一种方法。