药物基因组学和药物蛋白质组学杂志

抽象的

单分子实时测序如何改善 1 型强直性肌营养不良症的预后和遗传咨询

斯蒂芬妮·托梅

1 型强直性肌营养不良症 (DM1) 是由不稳定的 CTG 重复扩增引起的，这种重复通常在体细胞组织中随代际和时间推移而增加。CTG 重复不稳定性与 DM1 临床表现取决于重复本身的长度和重复序列的纯度。由于临床表现高度可变且确定 CTG 扩增的大小和纯度存在技术困难，DM1 中的遗传咨询非常复杂。我们使用 PacBio 单分子实时测序 (SMRT) 精确测量较大的 CTG 重复大小并识别扩增等位基因的序列中断，以了解 DM1 患者的临床和遗传变异性。我们在 Sequel I 和 II 系统上从纯化的扩增子对几名 CTG 重复扩增的 DM1 患者进行了测序，CTG 重复扩增的范围从 130 到 > 1000 CTG 重复。我们获得了每个样本超过 77% 的完整 DM1 读数，其中 >70% 的读数来自扩增的等位基因。数据包括所有样本的预期大小范围内的长读长，包括具有超过 1000 个 CTG 重复的 DM1 患者（表 1 和参考文献 1）。SMRT 测序非常有希望对大型三联体重复扩增进行测序，识别 CTG 重复中断并估计 DM1 患者的体细胞嵌合性。这种方法可以显著改善患者的预后和咨询。