干细胞研究与治疗杂志

抽象的

间充质基质细胞和血管形态发生：基因表达谱和促进途径

罗吉尔·T·A·范·维克

摘要
目的：造血细胞和间充质基质细胞在
胚胎细胞分化谱系中与内皮细胞密切相关。为了研究血管免疫学和血管形态形成微环境的病理生物学，我们分析了免疫基因组计划 (ImmGen) 表达数据中
已知与人类和小鼠血管异常有关的遗传因素。方法：我们挖掘了未确诊畸形的标准综合征图片和 NCBI 在线人类孟德尔遗传数据库，以构建与血管相关的基因列表。我们在 ImmGen 数据库中研究了这些基因的表达特征。使用 Partek® Genomics Suite 6.6 进行层次聚类分析。接下来，在 Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 中分别研究获得的聚类。基于这些结果，我们对来自单独数据库的周细胞样本进行了主成分分析 (PCA)，以研究与周细胞的关系。结果：我们的数据库查询产生了一个与脉管系统相关的 438 个基因列表，其中 384 个可以在 ImmGen 数据集内进行研究。通过层次聚类，我们确定了五个不同的簇，其中一个特定于间充质细胞系中的表达。接下来，使用 IPA，我们发现了与周细胞功能相关的各种途径。随后对周细胞样本进行的 PCA 显示与间充质来源的特定基质细胞非常相似，表明周细胞和这些细胞类型之间具有血管基因的共享表达谱。这些结果表明，上皮-间充质转化和/或内皮-间充质转化过程是血管形态发生中上皮/内皮细胞和间充质基质细胞相互作用的基础。结论：在本数据分析研究中，我们进行了来自各种来源的数据融合，这可能有助于未来机制和治疗研究的研究设计和细胞类型选择，并提供基于与血管异常相关的特定病理分子机制寻找治疗目标的潜在策略。