细菌学与寄生虫学杂志

抽象的

微生物比较基因组学：棒状杆菌属的工具和见解概述

Amjad Ali、Siomar C Soares、Eudes Barbosa、Anderson R Santos、Debmalya Barh、Syeda M. Bakhtiar、Syed S. Hassan、David W Ussery、Artur Silva、Anderson Miyoshi 和 Vasco Azevedo

下一代测序 (NGS) 使得在有限的时间内以最低的成本提供致病性和具有商业价值的生物体的全基因组序列成为可能。考虑到我们每天对数千个生物体进行测序，但我们的后续知识仍然非常有限，因此计算比较基因组学是必要的。尽管如此，来自单个基因组的基因组信息不足以深入了解一个物种的生活方式和基因库的扩展视图。多个基因组可以丰富我们对生物体相关性和变异的理解。因此，比较基因组分析仍然是识别物种中直系同源基因、特定基因的存在和缺失、进化信号和
与致病性相关的候选区域的有力工具。此外，泛基因组学策略与减法基因组学一起有助于突出物种间和物种内的关系、保守的核心和泛基因组，以表征毒力因子、药物靶标和疫苗候选物。在本文中，我们概述了微生物比较基因组学的先决条件：测序技术、比对工具、注释流程、数据库和资源、可视化和比较基因组学工具以及策略。最后，我们介绍了基于比较基因组学和功能分析的见解以及棒状杆菌属的最新发现。