基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

MoDa-多组学数据仓库

Sudeshna Guha Neogi、Maria Krestyaninova、Misha Kapushesky、Ibrahim Emam、Alvis Brazma、Ugis Sarkans

用于以高通量方式测量生物样本中生物分子实体（例如转录本、蛋白质、代谢物）特性的各种“组学”技术的范围正在不断扩大。需要能够综合探索此类实验结果的信息系统。我们开发了一个系统，MoDa（分子数据仓库），它提供了一个统一的框架，用于查找和可视化各种分子生物学实验技术的结果。仓库架构针对各种类型的样本注释、实验结果以及基因和其他分子实体的特性进行了优化。该实现基于 BioMart 技术，具有增强的多维数据处理手段。用户界面是一个基于 Web 的应用程序。每个数据仓库项目的一个重要考虑因素是数据采集和清理。为了确保上传到仓库中的数据一致且注释得足够好以进行进一步的统计分析，我们实施了一个用于样本和研究对象数据、实验元数据和实验结果的存储库。使用基因重新注释管道为沿生物实体（“基因”）维度收集的数据提供统一的参考系统。我们希望开发的数据仓库基础设施能够对采用高通量分子生物学技术的合作项目有用。