基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

SlopMap：一种使用精确 K-Mer 匹配快速灵活地识别相似序列的软件应用工具

Ilya Y Zhbannikov、Samuel S Hunter、Matthew L Settles 和 James A Foster

随着新一代 (NG) 测序技术的出现，快速且廉价地对整个基因组进行测序已成为可能。然而，在某些实验中，人们只需要提取和组装部分序列读数，例如在进行转录组研究、测序线粒体基因组或表征外显子组时。使用完整基因组的原始 DNA 文库，识别感兴趣的读数似乎是一个微不足道的问题。但在组装阶段之前，将众所周知的工具（如 BLAST、BLAT、Bowtie 和 SOAP）直接合并到生物信息学流程中并不总是那么容易，要么是因为与组装器的文件输入不兼容，要么是因为希望合并必须单独提取的信息。例如，为了将 Roche 454 测序仪的流程图合并到 Newbler 组装器中，必须先从原始 SFF 文件中提取它们。我们推出了 SlopMap，这是一款生物信息学软件实用程序，可快速识别与 Roche 454 或 Illumnia DNA 库中提供的目标序列相似的序列。凭借简单直观的命令行界面以及与组装程序兼容的文件输出格式，SlopMap 可直接嵌入生物数据处理流程中，无需任何额外的编程工作。此外，SlopMap 还保留了 Roche 454 组装器所需的流程图信息。