药物基因组学和药物蛋白质组学杂志

抽象的

Methanopyrus kandleri AV19完整基因组中的硒代半胱氨酸 tRNA 抑制变体

Uttam Roymandal、Shib Sankar Das、Riya Rakshit 和 Satyabrata Sahoo4*

在古细菌中，先前的研究已经揭示了多个含内含子的 tRNA 和分裂 tRNA 的存在。由于古细菌中存在各种类型的破坏性 tRNA 基因，因此对古细菌 tRNA 基因进行完整的未删节分析仍然是生物信息学领域的一项艰巨任务。在这里，我们提出了一种计算方法，该方法搜索编码 tRNA 一半的广泛分离的基因，以生成缺失 tRNA 的抑制变体。考虑到整个基因组中广泛分离的分裂 tRNA 基因的存在，我们开发了 tRNA 搜索算法来预测此类分离的 tRNA 基因，通过搜索保守的 tRNA 末端 5' 和 3' 基序来预测此类分离的 tRNA 基因，这与基于三叶草预测的分裂假设一致，并精确地在计算机中确定剪接位点的凸起-螺旋-凸起二级结构。通过全面搜索缺失的 tRNA 基因，我们鉴定了Methanopyrus kandleri AV19 中发现的插入的硒代半胱氨酸 tRNA 的新变体。对M. kandleri AV19完整基因组序列的分析揭示了非编码 RNA 解码 UGA 以读取硒代半胱氨酸 (Sec) 的多种转录模式，并建议进一步研究中断的 tRNA 基因 002E。