基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

植物中 microRNA 识别的计算方法：将基于基因组的预测与 RNA 测序数据相结合

豪尔赫·S·奥利维拉、努诺·D·门德斯、维克多·卡罗查、克拉拉·格拉萨、豪尔赫·A·派瓦和安娜·T·弗雷塔斯

MicroRNA 是内源性分子，通过沉默目标信使 RNA 发挥作用，在植物和动物的许多生理过程中发挥着重要的调节作用。在这里，我们提出了一个流程，利用 CRAVELA（一种最初为动物 microRNA 发现而开发的单基因组 microRNA 查找工具）和 NGS 数据分析算法，该算法提供了一种新颖的评分函数来评估候选基因的表达谱，利用来自成熟序列的 RNA 片段相对于 microRNA 前体其他部分的预期相对丰度。这种方法已在桉树属植物中进行了测试。尽管桉树属植物具有经济重要性，但尚未记录任何 microRNA。我们的方法的结果是一份候选基因的简短列表，包括保守和非保守序列。实验验证表明，从得分最高的非保守序列中选择的 8 个候选基因中有 6 个发生了扩增。