基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

基因组序列中回文和 n 元组频率的分析

丹·奥菲尔

研究 n 元和回文束的动机源于 Chargaff 等人发现基因组中某些 DNA 二元束的过度表达。他们研究了各种三元束在不同物种的基因中不同位置的频率。当前的研究进一步研究了三元束，回文束在下文中将被称为指定束。指定束是否有任何异常的长度和位置频率？已经进行了理论数学分析，以根据指定束的单个元素的频率分析指定束的数量。指定束根据哪些束具有来自组成序列的集合子集的混合元素进行分类，并根据哪些束由较低 n 元阶的长束组成。例如，束分析研究特殊现象是由于三元束还是由于其中包含的长二元束。基因组中感兴趣的最大 n 元束阶为三（三元）；四是整个基因本身。然而，n 元束的高阶在“可靠性理论”等其他领域也很有趣。因此，这里介绍了指定束的一般公式和处理方法，并针对基因组方面进行了演示，这些方面在过去二十年中得到了彻底的研究。