基因科技

抽象的

特异性结合 rRNA 基因内高度保守的 100-Bp DNA 靶标的单体蛋白质结构域的表征

艾洛迪·卡努斯、玛丽-维罗尼克·德马泰、索菲·卡斯特雷、纪尧姆·卡彭蒂埃、法比安·帕拉佐利、索伦·贝尔、克里斯托夫·布雷萨克和伊夫·比戈特

概念验证表明，编码核糖体 RNA (rRNA) 的染色体基因簇构成了最适合转基因表达的基因传递整合位点。然而，由于同源重组可以有效地将 DNA 片段整合到动物的这些基因中，因此需要新的分子工具来构建能够靶向 rRNA 基因附近分子的系统。

 我们研究了几种 DNA 结合域 (DBD) 的特性，这些域能够特异性识别 rRNA 基因 100 bp 区域内的基序，该区域在真核生物中保守性为 99-100%。我们的研究结果表明，源自 R2 非 LTR 逆转录转座子编码的内切酶的两个 Myb 样 DBD 是有希望的候选者，因为它们 i) 以高亲和力特异性识别位于预期基因组 rDNA 靶标内的 20 bp 结合位点，ii) 充当单体，iii) 包含核定位信号，iv) 与另一个域融合时仍保持功能，v) 不会改变与其融合的蛋白质的功能。然而，在体内获得的几种 R2DBD 融合的结果表明，在将这些 DBD 整合到针对 rRNA 基因的分子靶向系统之前，还有两个特性需要设计。第一个问题涉及 R2DBD 定位在核仁（rRNA 基因所在的细胞器）内的能力。第二个问题是 R2DBD 倾向于在细胞核的某些部分积累，这限制了它在细胞核内的扩散。本文讨论了解决这些当前限制的解决方案。我们的研究结果提供了有关 R2DBD 特性和质粒 DNA 在细胞核内的靶向性的重要信息。需要从三个方面进一步分析它们：R2DBD 的未开发优势、融合肽用于靶向非病毒载体整合的可能性和局限性以及用于靶向载体的融合肽替代品。