基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

线粒体和细胞质焦磷酸酶 (PPA) 基因和蛋白质的比较和进化研究

罗杰·S·霍姆斯 (Roger S Holmes)、金伯利·D·斯普拉德林-里夫斯 (Kimberly D Spradling-Reeves) 和劳拉·A·考克斯 (Laura A Cox)

无机焦磷酸酶 (PPA；PPase) (EC：3.6.1.1) 是二磷酸酶家族的成员，在脊椎动物组织的细胞质 (PPA1) 和线粒体 (PPA2) 中起二磷酸水解酶的作用。使用来自多个基因组项目的生物信息学数据检查了 PPA1 和 PPA2 氨基酸序列和结构以及 PPA 样基因位置。还研究了序列比对和关键的保守氨基酸残基（确定了人类 PPA2 残基）：线粒体信号肽 (1-31)；以及负责 Mg2+ 结合 (164Asp、169Asp 和 201Asp)、底物结合 (127Arg) 和作为质子供体位点 (138Tyr) 的活性位点残基。使用已报道的酵母 PPA1 结构 (PDB: 1E9G) 确定了脊椎动物 PPA1 和 PPA2 的预测二维和三维结构。脊椎动物 PPA1 和 PPA2 基因通常分别包含 11 或 12 个编码外显子，脊椎动物 PPA2 基因中观察到延伸的外显子 1 和额外的外显子 3。在人类 PPA2 基因启动子内确定了转录因子结合位点和 CpG104；在 PPA2 3'UTR 中确定了 MiR-590。系统发育分析表明，祖先无脊椎动物 PPA 基因经历了基因复制事件，形成了 2 个独立的脊椎动物基因进化路线：PPA1 和 PPA2。