基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

19 个拟南芥生态型 ADP-核糖-1′′-单磷酸酶的比较基因组分析

蒋惠芳、魏海超、蒋春云、孙伟、董文、陈妮妮、张辉、赵艳秀、王增兰

ADP-核糖-1′′-单磷酸酶是含有A1pp或MACRO结构域的细胞内一种重要的加工酶，参与t-RNA的剪接过程，催化ADP-核糖-1′′-单磷酸转化为ADP-核糖。在拟南芥中鉴定出两个基因AT1G69340和AT2G40600，发现它们虽然氨基酸差异较大，但保守区的空间结构相似。利用19个生态型的全基因组数据，分析了启动子、编码区和非翻译区序列的差异；基于AtGenExpress数据库和RNA-seq数据，比较了两个基因在Col-0不同组织和19个生态型幼苗中的表达情况。从Col-0的数据看，同一基因在某些生态型中具有不同的表达模式；除花器官和种子外，两个基因的表达模式相似。这些结果暗示这些基因表达的调控机制在不同生态型中发生了变化，这是由于转录因子和转录因子结合位点的差异所致。本研究将为基因功能的描述和用于研究基因功能的生态型候选基因提供一些信息。