基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

计算方法鉴定“蛔虫病”中的主要组织相容性复合体结合抗原肽

Mishra S 和 Gomase VS

蛔虫会导致人类“蛔虫病”，消除蛔虫是公众关注的焦点。在本次研究中，我们使用 PSSM（位置特异性评分矩阵）和 SVM（支持向量机）算法等计算方法预测了 MHC（主要组织相容性复合体）I 类和 II 类结合肽。我们预测蛔虫序列中细胞色素 b（线粒体）蛋白与 MHC-I 分子的肽结合物为 11mer_H2_Db、10mer_H2_Db、9mer_H2_Db、8mer_H2_Db。研究还利用氨基酸序列和特性，整合了肽 MHC I 类结合的预测、蛋白酶体 C 末端裂解和 TAP 转运效率。我们还使用位置特异性评分矩阵发现了肽与不同等位基因的结合。蛔虫细胞色素 B（365 个残基长）含有 357 个具有抗原 MHC 结合肽的非聚体。基于 PSSM 的服务器将预测从序列到 MHCII 分子的肽结合物为 I_Ab.p、I_Ad.p、I_Ag7，这些肽结合物在蛔虫细胞色素 B 的抗原表位区域被发现。该研究可用于合理的疫苗设计，同时增加对免疫系统对抗抗原作用的理解。