基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

数据挖掘助力生成一类新型染色体特异性 DNA 探针

H. Zeng、HUG Weier、J. Kwan、M. Wang 和 B. O'Brien

能够准确描绘间期或中期细胞核中染色体特异性 DNA 序列的探针已成为重要的临床工具，可提供关于受孕产物的性别或染色体组成或胚胎植入概率以及肿瘤特异性遗传特征定义的救命信息。通常，这种高度特异性的 DNA 探针本质上是专有的，并且是大量探针选择和优化程序的结果。我们描述了一种新方法，该方法通过应用数据挖掘和常见的生物信息学工具来消除昂贵且耗时的探针选择和测试。与在计算机中模拟药物-蛋白质相互作用的合理药物设计过程类似，本文描述的合理探针设计使用一组标准和公开可用的生物信息学软件从包含数十万个探针分子的库中选择所需的探针分子。示例描述了人类 X 和 Y 染色体的 DNA 探针的选择，两者都具有前所未有的性能，但以类似的方式，这种方法可以应用于其他染色体或物种。