血液疾病与输血杂志

抽象的

使用高通量 SNP 基因分型检测低水平混合嵌合现象

Aleksey Nakorchevsky、Eunice Flores、李向阳、陶虹和 Anders Nygren

接受同种异体骨髓移植 (BMT) 或干细胞移植 (SCT) 的患者需要接受临床监测，以便尽早诊断移植后不良反应，如排斥反应、移植物抗宿主病 (GVHD) 或恶性肿瘤复发。临床上对移植接受者的分类是通过监测微小残留病 (MRD) 和测量外周血淋巴细胞 (PBL) 中的混合嵌合体数量来实现的。虽然 MRD 监测涉及检测恶性肿瘤特异性标记，但可以通过基于 PCR 的常规方法测量混合嵌合体的程度。我们开发了一种 SNP 基因分型方法来检测 PBL 和基因组 DNA 中的低水平混合嵌合体。通过测量 92 个独立 SNP 标记组中基因分型数据的累积偏差来实现灵敏度。该方法对 10%、5% 和 2% 混合嵌合体样本的灵敏度为 0.98，特异性为 0.90。该方法的总体特异性为 0.98，准确度为 0.95。结果显示一组临床样本与 STR 数据 100% 一致。与已经建立的方法相比，该方法的优势在于它不需要疾病特异性标记并且可以多重化。该方法和分析软件也可以与其他基因分型和测序技术一起使用。