微生物与生化技术杂志

抽象的

基于序列的单核细胞增生李斯特菌菌株分型商业服务的开发与评估

Tom Edlin 和刘彦宏

单核细胞增生李斯特菌是一种重要的食源性病原体，也是许多食品加工设施中的持久性污染物。菌株分型对于检测和调查疫情至关重要，可用于追踪污染源。目前使用的分型系统存在诸多局限性，包括分辨率低、数据可移植性差、成本高、技术复杂等。本研究旨在开发一种单核细胞增生李斯特菌菌株分型外包方案，以解决这些局限性。NCBI 基因组数据库包含 109 种菌株，我们对其进行了筛选，以寻找信息量大、含有串联重复序列的位点。最有希望的菌株称为 LmMT1 (0.8-1 kbp) 和 LmMT2 (0.7-0.8 kbp)，它们表现出复杂的多态性模式（插入/缺失和单核苷酸多态性），多样性指数为 0.99 (LmMT1) 和 0.98 (LmMT2)，并且存在于所有单核细胞增生李斯特菌中，以及 NCBI 数据库中代表的一种 (LmMT1) 到四种 (LmMT2) 其他李斯特菌种中。Miya 等人 (J. Microbiol. Methods, 2012, 90:285-291) 之前使用一组不同的菌株报告了这两个相同位点的更有限区域 (0.3-0.5 kbp) 的多样性指数为 0.95 和 0.91。 LmMT1 和 LmMT2 序列的系统发育分析揭示了与血清型（4b、1/2a 和 4a 复合体）和进化谱系（I、II 和 III/IV）相对应的不同簇。与目前的黄金标准 PFGE 的比较表明 LmMT1 分型具有相当的鉴别性。重要的是，四次爆发的菌株形成了相应的簇，尽管 2002 年爆发的菌株被分解为相关的环境和食物/人类分离物，这挑战了它们的流行病学联系。在实验室中，LmMT1 和 LmMT2 分型被证明是可靠的，从作为无害热灭活悬浮液提交的菌落中生成高质量序列。对来自 62 种不同菌株的 LmMT1 序列的分析表明与基于单核苷酸多态性的分型总体一致。