Nasstasja Wassilew、Doris Hillemann、Florian P. Maurer、Thomas A. Kohl、Matthias Merker、Folke Brinkmann、Marc Lipman 和 Katharina Kranzer
简介：我们开发了一种新型线性探针检测方法 GenoType® NTM DR，用于临床脓肿分枝杆菌分离株的亚种识别和大环内酯类和氨基糖苷类药物耐药性的检测。我们研究了该检测方法与 DNA 测序和表型药物敏感性测试 (pDST) 相比的性能。
方法：对 2015 年至 2016 年收集的 48 株临床脓肿分枝杆菌分离株进行亚种鉴定，并通过桑格测序分析 erm (41) 基因型、rrl 和 rrs 基因突变。对克拉霉素和阿米卡星进行 pDST 微量稀释。将结果与 GenoType® NTM DR 检测结果进行比较。通过重复 pDST 和全基因组测序 (WGS) 进一步分析不一致的结果。
结果：根据 rpoB 序列，35 个分离株被鉴定为 M. abscessus subsp. abscessus，6 个被鉴定为 M. abscessus subsp. bolletii，7 个被鉴定为 M. abscessus subsp. massiliense。GenoType® NTM DR 结果与 Sanger 测序的一致性分别为亚种鉴定的 92% 和 erm (41)、rrl 和 rrs 基因型的 100%。当考虑重复 pDST 结果时，GenoType® NTM DR 和 pDST 结果在克拉霉素耐药性方面匹配率为 98%，在阿米卡星耐药性方面匹配率为 96%。
结论：新型 GenoType® NTM DR 检测是一种有价值的检测方法，可用于对脓肿分枝杆菌分离株进行亚种鉴定，以及检测导致对阿米卡星和克拉霉素产生耐药性的确定突变。线性探针检测和 pDST 之间的差异主要与表型检测结果的差异有关。