基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

从人类结肠和胆囊中分离的五种凝固酶阴性葡萄球菌 (CNS) 的基因组挖掘和比较基因组分析

Ramesan Girish Nair、Gurwinder Kaur、Indu Khatri、Nitin Kumar Singh、Sudeep Kumar Maurya、Srikrishna Subramanian、Arunanshu Behera、Divya Dahiya、Javed N Agrewala 和 Shanmugam Mayilraj

已知凝固酶阴性葡萄球菌 (CNS) 可导致人类发生不同类型的感染，如心内膜炎和尿路感染 (UTI)。令人惊讶的是，文献中缺乏针对 CNS 的基因组分析数据，尤其是人类来源的 CNS。鉴于此，我们对从胆囊中分离的 Staphylococcus cohnii subsp. cohnii 菌株 GM22B2、Staphylococcus equorum subsp. 菌株 equorum G8HB1、Staphylococcus pasteuric 菌株 BAB3 以及从结肠中分离的 Staphylococcus haemolyticus 菌株 1HT3、Staphylococcus warneri 菌株 1DB1 进行了基因组挖掘和比较基因组分析。我们在 CNS 菌株中鉴定了 29% 的共同毒力决定因素，包括对抗生素和有毒化合物的耐药性、细菌素和核糖体合成肽、粘附、侵袭、细胞内抗性、原噬菌体区域、致病岛。我们的菌株中还存在 10 种独特的毒力因子，涉及粘附、负转录调控、对铜和镉的抗性、噬菌体成熟。除了比较基因组同源性、大小和 G+C 含量外，我们还显示 CNS 菌株中存在 10 种不同的 CRISPR-cas 基因。此外，基于 KAAS 的注释揭示了 CNS 基因存在于与人类疾病相关的不同途径中。总之，这项研究首次尝试揭示从两个不同身体器官中分离的 CNS 的致病组学，并强调了 CNS 作为医疗保健领域新兴病原体的重要性。