基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

水稻 ( Oryza sativa subsp. indica ) 基因组挖掘，用于检测和表征长回文序列

埃尔迈拉·卡坦奇·赫伊维、阿萨杜拉·艾哈迈迪哈和阿里·穆罕默德·莫萨曼

由于水稻基因组已完全测序，在全基因组范围内寻找特异性特征对于研究基因组进化和后续应用具有重要意义。回文序列是参与调控不同细胞过程的重要DNA基序，是遗传不稳定性的潜在来源。采用基因组挖掘方法检测和表征水稻基因组中的长回文序列。所有回文序列（定义为带有间隔DNA的相同反向重复序列）都可以根据其频率、大小、GC含量、紧凑度等进行分析和排序。结果表明，水稻基因组中整体回文频率较高（近51000个回文序列），共覆盖水稻核基因组的41.4％，回文数量最多和最少的分别属于1号和12号染色体。回文数可以很好地解释水稻染色体的扩张（R2>92％）。回文序列平均GC含量为42.1%，表明回文序列富含AT，因而复杂度较低。结果还表明，不同染色体上回文序列的紧凑指数不同（最高为8号染色体43.2个/cM，最低为34.5个/cM）。共位分析表明，水稻基因20%以上的基因与回文区重叠，主要集中在染色体臂上。基于本研究结果可以得出结论，水稻基因组富含长回文序列，而长回文序列是进化过程中引发变异最多的区域。一般来说，回文序列的茎和环两段都富含AT，表明这些区域位于水稻染色体复杂度较低的区段。