基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

RAW264 细胞中急性炎症和抗炎反应的全基因组分析表明顺式元件与翻译调控相关

佐子宏明和铃木克彦

翻译调控在介导炎症反应中起着关键作用。本研究中以地塞米松 (DEX) 为代表的糖皮质激素是公认的抗炎药，对包括炎症基因在内的多种基因组的翻译具有显著的抑制作用。然而，它们的调控非常复杂和多样，涉及转录和翻译调控。虽然转录调控已通过全基因组转录组分析进行了研究，但翻译调控仅通过少数特定基因靶标（例如肿瘤坏死因子）进行了研究，糖皮质激素对翻译水平的整体影响很少得到研究，主要是因为其技术难度较大。在这里，利用核糖体分析结合高通量 mRNA 测序 (mRNA-Seq)（可以捕获翻译核糖体的足迹），我们对脂多糖 (LPS) 或 LPS 与 DEX (LPS + DEX) 偶联刺激的 RAW264 细胞的急性炎症或抗炎反应进行了全基因组转录和翻译分析。我们发现单独使用 LPS 和 LPS + DEX 之间的大多数差异调控以翻译水平而非转录水平为主。对上调和下调基因簇的进一步分析揭示了假定的顺式调控元件仅富集在由 LPS + DEX 诱导的上调或下调基因的 3'-UTR 中。结果意味着在 RAW264 细胞的急性炎症反应中，糖皮质激素诱导的翻译调控目前公认的机制的替代方法。