细菌学与寄生虫学杂志

抽象的

使用类型特异性引物对通过多重 PCR 对巴基斯坦人群进行 HBV 基因分型和系统发育分析

贾维德·伊克巴尔、阿比达·拉扎和贾巴尔·扎曼·汗·卡塔克

背景：乙肝病毒可导致急性和慢性肝细胞癌，是影响全球 3.5 亿多人的严重健康问题。从地理上讲，迄今为止已发现 9 种 HBV 基因型。四种开放阅读框（ORF P、S、F 和 X）使其专门针对肝细胞。此外，与腺病毒相比，HBV 生命周期中存在的逆转录过程导致突变率高出四个数量级。HBV 基因型之间的结构和功能差异是严重程度、并发症、治疗和可能的病毒疫苗接种的主要依据。乙肝基因分型对于评估其临床意义和地理分布很重要，但亚基因型已被发现可用于确定与肝癌发生和医学治疗相关的特定基因组标记。在巴基斯坦，没有关于 HBV 分子进化分析的报道数据。因此，非常需要进行一项研究来评估这里流行的主要菌株谱。

目的：本研究旨在查明巴基斯坦人群中 HBV 基因型的流行情况。在本研究中，我们专注于找出 HBV 的新菌株和亚基因型。巴基斯坦是 HBV 流行的国家之一，但没有关于该国流行的病毒的亚基因型及其重组或系统发育相关性的数据。本研究就是从这个角度进行的。本研究将有助于未来的研究人员研究巴基斯坦 HBV 相关菌株的其他方面以及其医学疗法。

研究地点和持续时间：本研究在伊斯兰堡核医学、肿瘤学和放射治疗研究所 [NORI] 的聚合酶链反应 (PCR) 实验室进行，样本采集时间为 2012 年 9 月至 2014 年 2 月。

研究设计：第一步，在 2012 年 9 月至 2014 年 2 月期间共收集了 450 份乙肝表面抗原 HBsAg 和 HBV DNA 阳性样本，并送往核医学肿瘤学和放射治疗研究所 [NORI] 进行进一步分析。所有样本均通过类型特异性嵌套 PCR 引物对方法对从 A 到 H 的 8 种 HBV 基因型进行基因分型。患者随机选择，不分年龄和性别，并获得书面同意（如果年龄小于 18 岁，则需获得父母同意）。该研究已获得伦理审查委员会的批准。在我们的研究中，我们使用类型特异性引物技术找出了巴基斯坦人群中的优势菌株，并进一步使用从 NCBI 数据库中检索到的参考序列对其进行了系统发育分析。

结果：我们的研究结果显示病毒载量与已识别基因型之间存在直接关系，并指出 D 基因型是最主要的基因型，在巴基斯坦人口的所有基因型中占很高的比例。混合 HBV 基因型感染（基因型 A 与 B 和 C、D 与 B 和 C）占所有样本的 17% 左右。根据完整核苷酸序列的差异，已鉴定出不同 HBV 毒株的亚基因型。阳性 PCR 结果重复两次以进行确认。此外，系统发育分析显示我们报告的序列与参考序列之间存在同源性。系统发育方法表明，基因型/亚基因型因地理区域而异，并与种族密切相关。

结论：在我们的研究中，基因型 D 被确定为巴基斯坦社区中最主要的基因型，表现出 D1 和 D3 的亚基因型。基因型 A 和 D 相互共感染，并成为第二大主要基因型组。此外，系统发育分析表明，基因型因地理区域而异，并与 NCBI 的参考序列密切相关。