基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

豆科植物中保守的rbcL氨基酸序列的同源性建模

Sagar S Patel、Megha B Vaidya 和 Dipti B Shah

本研究重点关注印度古吉拉特邦发现的少数豆科植物的同源性建模。豆科植物有三个亚科，分别是蝶形花科、苏木科和含羞草科。对每个亚科中少数物种的 rbcL 蛋白序列进行了多重序列比对，并考虑了保守氨基酸以进行同源性建模。进化相关的蛋白质具有相似的序列，而自然产生的同源蛋白质具有相似的蛋白质结构。研究表明，三维蛋白质结构在进化上比仅基于序列保守性所预期的更为保守；我们发现，尽管它们来自不同的属，但每个亚科中都有一些氨基酸具有相同的碱基对。在我们研究的 PDB 数据库中没有保守氨基酸的蛋白质结构，因此我们对三个 rbcL 蛋白质序列（每个亚家族一个）进行了同源性建模，发现这些序列在多序列比对中是保守的，并使用 Ramachandran Plot 进行了结构验证，并使用 CASTp 服务器找出预测蛋白质结构中的活性位点，并最终在对豆科植物中一些保守的 rbcL 氨基酸序列进行同源性建模后报告每个预测蛋白质的功能。