基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

73 个粪便细菌属 16S rDNA 中间序列内宿主特异性遗传标记的鉴定

沉振宇、张宁、Azlin Mustapha、林猛士、徐东、邓代勇、Mary Reed 和郑国禄

核糖体间插序列 (IVS) 最近被提议作为微生物源追踪 (MST) 的遗传标记。本研究利用生物信息学和下一代测序 (NGS) 方法全面研究了 73 个主要粪便细菌属的 16S rDNA 中 IVS 的宿主特异性。通过计算机模拟鉴定出 13 种与特定宿主物种相关的 IVS；它们存在于厌氧弧菌属、拟杆菌属、粪杆菌属、Mitsuokella 属、消化链球菌属、考拉杆菌属和 Subdoligranulum 属的细菌中。基于 13 种 IVS 的 DNA 序列，开发了聚合酶链反应 (PCR) 检测方法。使用目标和非目标宿主物种的粪便 DNA 样本进行 PCR 扩增表明，13 种 IVS 中有 8 种与人类、鸡/火鸡、肉牛/猪或马/猪/人粪便高度相关。根据IVS多态性，利用NGS从与多种宿主物种相关的IVS中寻找与单一宿主相关的IVS。结果，发现了一种特定于肉牛的新型IVS，并通过牛和非牛粪便样本的PCR扩增进行了确认。结果表明，一些IVS可用作MST的遗传标记，并且NGS可能有助于识别新的宿主特异性遗传标记。