基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

基于 Imex 的黄病毒基因组重复序列分析（包括登革热病毒）

乔杜里·马什胡德·阿拉姆、阿西夫·伊克巴尔、巴比塔·萨达里和萨夫达尔·阿里

简单重复序列 (SSR)，又称微卫星，是 1-6 个核苷酸重复基序，以不同次数存在于原核生物、真核生物和病毒的编码区和非编码区中。本研究重点研究了 27 种黄病毒基因组中的简单重复序列 (SSR)，其中包括登革热病毒。根据 SSR 进行比较病毒基因组学将有助于我们了解多样性和对新宿主的适应性。在 27 个研究基因组中共发现了 1164 个 SSR 和 53 个 cSSR。单核苷酸 A 是最常见的重复基序，平均分布约为 6。其次是 G（平均分布为 2）。在二核苷酸中，AG/GA 重复基序是最常见的，在研究的基因组中平均分布为 14。黄病毒基因组缺乏两个负责基因组进化的基本特征，即二核苷酸重复基序 AT/TA（最少出现，平均分布约为 0.5）和非编码区 cSSR，这表明基因组稳定或通过迄今未解释的机制进化。登革热病毒分离株中保守序列的发现为病毒诊断的生物标志物开发提供了基础。