基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

深入了解木豆和其他豆科植物的 PPR 基因家族

Parampreet Kaur、Mohit Verma、Pavan K Chaduvula、Swati Saxena、Nikita Baliyan、Alim Junaid、Ajay K Mahato、Nagendra Kumar Singh 和 Kishor Gaikwad*

PPR 蛋白在陆生植物中包括数百种成员，它们在细胞器基因组中控制着一系列令人着迷的功能，从参与细胞器转录本的稳定、RNA 编辑到 CMS 系的育性恢复。尽管有几种豆科植物的基因组序列可用，但尚未对 PPR 基因家族成员进行全面编目。在当前的研究中，我们分别在木豆、大豆、菜豆、苜蓿、豇豆和鹰嘴豆基因组中鉴定了 523、830、534、816、441 和 677 个 PPR 蛋白，并对其进行了完整的计算机分类，以将它们分为不同的子类并预测它们的定位。预测了 271 个木豆 PPR 基因的染色体坐标，并在其他 5 种豆科植物中鉴定了它们的同源物，揭示了广泛的基因组保守性。进一步探究了所有 6 种豆科植物的 PPR 基因，以根据蛋白质聚类识别育性恢复基因 (RFL)，然后对已知的 Rf-PPR 基因进行同源性搜索。识别了 70 个 RFL PPR 基因（P 亚类），并通过系统发育分析对其进行了仔细研究，结果显示这些 RFL 在整个物种中具有广泛的相似性和共同特征。其中一些 RFL PPR 以小簇的形式存在于大豆、菜豆、豇豆和鹰嘴豆基因组中。这项研究建立了有关豆科植物 PPR 基因家族的知识库，并为未来研究它们的分子功能、进化关系以及它们在识别标记以克隆 Rf 基因方面的潜力开辟了多条途径。