法比奥拉·马克斯·德·卡瓦略、莱安德罗·纳西门托·莱莫斯、卢西安·普里奥利·恰皮纳、雷南·加西亚斯·莫雷拉、亚历山德拉·格伯、安娜·保拉·吉马良斯、塔蒂亚尼·费雷盖蒂、弗吉尼亚·安图内斯·德·安德拉德·赞贝利、雷纳塔·阿维拉、塔拉·贝尔纳多·德·阿尔梅达、詹森·达·席尔瓦·利马、夏娜·普里西拉C·巴罗佐， Mauro Martins Teixeira、Renan Pedra Souza、Cynthia Chester Cardoso、Renato Santana Aguiar、Ana Tereza R. de Vasconcelos*
目的：继发性细菌和真菌感染与呼吸道病毒感染和侵入性机械通气有关。微生物组对重症监护病房 (ICU) 患者 COVID-19 严重程度的影响仍不清楚。这项研究描述了巴西 COVID-19 患者的肺部微生物群，并探讨了微生物病原体如何影响 2019 冠状病毒病的临床结果。
方法：提取了 21 名巴西 COVID-19 患者的支气管肺泡灌洗液总 DNA。所有患者均为 RT-PCR 阳性，并被送入巴西两家中心的重症监护病房。对于宏基因组分析，将测序读数提交给生物信息学工具进行分类和功能推断。
结果：我们确定呼吸道、医院内和机会性病原体是肺部普遍存在的细菌，表明 ICU COVID-19 患者存在菌群失调（微生物失衡）。微生物功能分析显示与毒力库相关的代谢途径，例如生物膜产生、分泌毒素、荚膜多糖和铁获取。微生物病原体及其毒力机制与宿主免疫反应有关，并提出了一个细胞模型，表明细菌物种如何参与 COVID-19 恶化。
结论：我们探索了肺部存在的微生物种类如何调节和加剧重症监护病房患者的免疫过程，从而增加 COVID-19 的严重程度。