水产养殖研究与发展杂志

抽象的

介绍如何建立东加尔各答湿地（国际拉姆萨尔湿地）分离的硝化细菌 16S rRNA 基因序列与 amoA 和 nxrA 的比较分析

Saha M、Sarkar A 和 Bandhophadhyay B

氮循环是最复杂且对地球生命非常重要的循环。进行氮循环过程的硝化细菌在水质控制中起着至关重要的作用，因此建立基因组指纹数据库对于监测和监控硝化细菌的遗传变异以及为位于西孟加拉邦不同地区的细菌建立生物安全协议非常重要。目前氨氧化细菌 (AOB) 和亚硝酸盐氧化细菌 (NOB) 的进化关系和自然多样性主要基于对东加尔各答湿地中它们编码 16S rRNA 和氨单加氧酶 (AmoA) 和亚硝酸盐氧化还原酶 (NxrA) 活性位点多肽的基因的比较序列分析。本研究显著扩展了 AOB 的 16S rRNA 和 amoA 数据库以及 NOB 的 nxrA 数据库。因此，在环境研究中，可以使用功能标记（amoA 或 nxrA）来追踪氨氧化剂，或者使用结构标记（16S rDNA）来追踪特定物种。这些技术包括使用 16S rDNA 基因来表征自然的 AOB 和 NOB 种群并分析它们的分类和系统发育特征。通过比较 16S rRNA 序列分析建立的对 AOB 和 NOB 系统发育的当前认识可以通过利用 amoA 和 nxrA 基因来独立确认，并证明可以作为一种替代的系统发育标记。我们的工作旨在研究氨单加氧酶亚基 A 基因 (amoA) 和亚硝酸盐氧化还原酶 (nxrA) 基因作为 AOB 和 NOB 功能标记的潜力，以及 16S rDNA 序列分析。对于生态监测，当前研究工作中的硝化细菌特有的基因（如 amoA 和 nxrA）可能是一种更可靠的工具。