基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

腈水解酶的主题设计

尼基尔·夏尔马 (Nikhil Sharma) 和泰克·昌德·巴拉 (Tek Chand Bhalla)

腈水解酶是腈代谢酶之一，可催化腈转化为相应的酸，在绿色化学中具有重要意义。腈水解酶具有底物特异性，但可作用于多种腈（脂肪族/芳香族），由于其在温和水解中的实用性而受到关注。迄今为止报道的大多数腈水解酶都是从微生物/植物来源中物理提取的。为了识别腈水解酶的序列，设计了两组基序，即脂肪族腈水解酶基序（MDMAl）和芳香族腈水解酶基序（MDMAr），每组基序具有四个特定于腈水解酶的基序，具有保守的催化三联体（Glu-48、Lys-131、Cys-165），可用作腈水解酶的标记。通过使用多 EM 进行基序引出（MEME）进行多序列比对（MSA）来识别保守区域。手动设计基序 (MDM) 已通过 ScanProsite 验证，PRATT、Gblocks 和 MEME 也已确认其存在。针对 MDMAr 的 ScanProsite 搜索显示来自植物、动物和微生物的一些新的芳香腈水解酶来源，而 MDMAl 仅显示来自微生物的腈水解酶。除了识别独特的基序以确认其对腈的底物特异性外，还通过研究一些重要的生理化学参数和位置特异性氨基酸验证了随机选择的序列。