基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

人单纯疱疹病毒三链体衣壳蛋白比对相似度的NW算法与ANFIS建模

维潘·库马尔·索帕尔、阿普尔巴·戴伊和阿玛帕尔·辛格

人类单纯疱疹病毒 (HHV) 三链衣壳蛋白的最佳序列相似性是一个复杂的生物信息学问题，由比对算法、替换矩阵、间隙惩罚和间隙扩展控制。需要精确选择突变矩阵来优化比对相似性，以及相似性搜索所需的适当计算方法。本文使用自适应神经模糊推理系统 (ANFIS) 方法对 PAM 和 Blosum 替换矩阵的比对相似性进行建模和模拟。突变矩阵和 HHV-I 和 HHV-II 的序列被作为模型的输入参数。该模型是模糊推理、人工神经网络和模糊规则集的组合，是使用 NW 算法直接从计算分析中开发的。通过将预期结果与特定条件下计算分析获得的实际结果进行比较，验证了所提出的建模方法。应用 ANFIS 测试表明，所提出的模型预测的替换矩阵与 0.5% 显着性水平的实验值完全一致。