基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

PGR：一种新型的蛋白质三维结构图形存储库

瓦吉迪·迪弗里 (Wajdi Dhifli) 和阿卜杜拉耶·巴尼雷·迪亚洛 (Abdoulaye Baniré Diallo)*

图论和图挖掘构成了丰富的计算技术领域，用于研究图的结构、拓扑和属性。如果存在将生物数据转换为图的有效方法，这些技术将成为生物信息学的宝贵资产。在本文中，我们介绍了蛋白质图存储库 (PGR)，这是一个将蛋白质 3D 结构转换为图的新型数据库，允许在蛋白质挖掘中使用大量图论技术。该存储库包含蛋白质数据库 (PDB) 中描述的所有当前已知蛋白质 3D 结构的图形表示。PGR 还提供了一种将蛋白质 3D 结构转换为图形的有效在线转换器、生物和基于图的描述、预先计算的蛋白质图属性和统计数据、每个蛋白质图的可视化以及基于图的蛋白质相似性搜索工具。这样的存储库丰富了现有的在线数据库，有助于弥合图挖掘和蛋白质结构分析之间的差距。PGR 数据和特征是独一无二的，不包含在任何其他蛋白质数据库中。该存储库可在 http://wjdi.bioinfo 上找到。魁北克大学医学院