基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

使用 PICRUSt2 和 Piphillin 管道预测印度天然发酵乳制品中的细菌功能

H. Nakibapher Jones Shangpliang、Jyoti Prakash Tamang*

自然发酵乳 (NFM) 产品是印度锡金邦和阿鲁纳恰尔邦的热门美食。此前，研究人员曾采用高通量测序方法分析了印度这些 NFM 产品中的细菌群落。然而，印度 NFM 产品的预测基因功能尚未得到研究。在本研究中，研究人员从 MG-RAST/NCBI 数据库服务器访问了锡金邦和阿鲁纳恰尔邦 NFM 产品的原始序列。应用 PICRUSt2 和 Piphillin 工具研究微生物功能基因预测。PICRUSt2 和 Piphillin 的 MUSiCC 标准化 KO 和映射的 KEGG 通路导致前者的百分比高于后者。尽管从两个流程中比较了功能特征，但预测结果存在显著差异。因此，对这两种算法的综合介绍为与印度 NFM 产品微生物群相关的预测功能概况提供了整体概述。