基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

使用确定性顺序采样进行蛋白质二级结构预测

梁国庆、王晓东

根据蛋白质的氨基酸序列预测其二级结构是预测其三维结构的重要一步。虽然许多现有算法利用蛋白质数据库中已知二级结构的蛋白质的相似性和同源性，但其他相似性度量较低的蛋白质需要单序列方法来发现它们的二级结构。在本文中，我们提出了一种基于确定性顺序采样方法和隐马尔可夫模型的单序列蛋白质二级结构预测算法。预测是基于窗口观察和观察窗口内可能构象的加权平均值进行的。与现有的单序列算法相比，所提出的算法在实际数据集上取得了更好的性能。