基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

基于基因长度排序最大化的原核生物基因组排序

Bolshoy A、Salih B、Cohen I 和 Tatarinova T

基因长度的变化（一些基因变得比其前身更长，而其他基因变得更短，并且这些基因的长度在不同生物体中随机不同）如何取决于生物体的进化和适应性仍是一个悬而未决的问题。我们建议根据基因长度对基因组进行排序，然后找出基因组排序与各种特性（如生长温度、核苷酸组成和致病性）之间的关联。这种方法揭示了进化的驱动因素。本研究的主要目的是测试几种排序方法的有效性和稳健性。所选的评估方法是测量数据的整体排序性。我们已经证明，所有考虑的方法都能给出一致的结果，并且冒泡排序和模拟退火可实现最高的排序性。此外，冒泡排序比模拟退火方法快得多。