基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

使用主成分分析进行 RNA 干扰脱靶筛选

雅各布·穆勒、迈克尔·W·普法夫尔

脱靶效应仍然是任何 RNAi 敲低应用中的主要问题。通过热图和主成分分析 (PCA) 评估细胞培养功能丧失研究，我们发现 PCA 得出的图可以清楚地显示脱靶效应。由于我们的细胞培养模型中不存在脱靶效应，我们创建了一个计算机数据模型，以演示如何利用 PCA。通过呈现的计算机调制，可以模拟各种治疗对改变基因表达的影响。已知的药物治疗或插入敲低引起的影响可以与未知的脱靶效应清楚地区分开来。通过创建各种随机基因表达数据集，我们证明与热图基因调控模式相比，PCA 可以更有效地分配脱靶效应。