基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

简评：使用结构模型预测 C2H2-ZF 结构域的 DNA 结合偏好：在人类 CTCF 上的应用

阿尔贝托·梅塞格尔、鲁本·莫利纳-费尔南德斯、纳西斯·费尔南德斯-富恩特斯、奥里奥尔·福内斯*、巴尔多·奥利瓦*

在题为“使用结构模型预测 C2H2-ZF 结构域的 DNA 结合偏好：在人类 CTCF 中的应用”的论文中，我们提出了一种新的计算方法，根据 Cis2-His2 锌指 (C2H2-ZF) 蛋白结构域的氨基酸序列或结构预测其 DNA 结合偏好。该方法使用蛋白质-DNA 复合物的结构来计算一组基于知识的统计势。鉴于已知结构的蛋白质-DNA 复合物数量较少，我们用超过 170000 个序列设计的 C2H2-ZF 结构域的实验性酵母单杂交相互作用来补充该结构集。我们已经实施了一个服务器来模拟该家族的任何蛋白质-DNA 复合物的结构，并根据使用统计势计算的最佳相互作用分数得出其理论位置权重矩阵。该方法已得到验证并应用于人类 CTCF 序列。