基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

脑膜炎大肠杆菌K1中假定的脱氢硫辛酰胺脱氢酶 CglE 的 FAD 结合域的结构特征

王一鸣、曹红

通过同源性建模表征大肠杆菌 K1 CglE（一种脱氢硫辛酰胺脱氢酶 (DLDH)）的 FAD 结合域的结构特征。N 端残基 1-70 与大肠杆菌 K1 的 CglE 和其他 DLDH 的 FAD 结合域 a 亚基的序列相似性为 CglE 的 FAD 结合域的设计提供了基础。由于没有找到一个令人满意的 CglE 同源性建模模板，因此通过在线同源性建模程序获得了两个模板（PDB 代码 2q7vA 和 1jehA），用于多模板建模。为了获得高质量的目标蛋白，使用了计算生物信息学软件 Accelrys Discovery Studio client 2.5 和多个自动在线服务器。由于比对的一致性相对较低，因此考虑使用两个模板来尝试改进同源性模型。从几何和能量两个方面来评估改进模型的质量，包括 MD 模拟、能量最小化、Ramachandran 图和其他测量。