基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

迈向更精准的医疗：PacBio 单分子长读长技术在显性准物种（单倍型）水平上解析 HIV 耐药突变谱

黄大伟、Castle Raley、蒋敏康、郑鑫、梁敦、M Tauseef Rehman、Helene C Highbarger、焦晓丽、Brad Sherman、马亮、陈晓峰、Thomas Skelly、Jennifer Troyer、Robert Stephens、Tomozumi Imamichi、Alice Pau、Richard A Lempicki、Bao Tran、Dwight Nissley、H Clifford Lane 和 Robin L Dewar

HIV-1 耐药突变 (HDRM) 的出现是抗逆转录病毒疗法临床失败的主要原因之一。根据患者的 HDRM 谱应用个性化的抗 HIV 方案可以提高治疗成功率。然而，HDRM 谱的灵敏度和特异性受到所用检测方法的限制。传统上，基于 Sanger 的测序技术用于在单核苷酸变异 (SNV) 水平上确定 HDRM 谱，但在患者的 HIV 群体中其灵敏度仅为 ≥ 20%。下一代测序 (NGS) 技术提供更高的检测灵敏度（~ 1%）和更大的范围（每次运行数百个样本）。然而，NGS 技术产生的读数太短，无法检测到每个存在的 HIV 毒株单倍型中各个 SNV 的物理连锁。在本文中，我们证明了使用第三代测序仪 (TGS)、PacBio RS II 生成的单分子长读长以及适当的生物信息学分析方法可以在更高级的准物种水平上解析 HDRM 谱。对患者 HIV 样本的案例研究表明，使用 PacBio 方法生成的准物种视图具有更高的检测灵敏度，并且更全面地了解 HDRM 情况，这是对 Sanger 和 NGS 技术的补充。总之，PacBio 方法提供了一种有前途的新型准物种级 HDRM 分析方法，可能会对 HIV 耐药性研究领域产生重要影响。