基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

单位：通用真 SDSA（结构依赖序列比对）

斯科特·福伊和杰拉尔德·威科夫

动机：通用真实 SDSA（结构依赖性序列比对）或 UniTS 程序可计算来自多个叠加蛋白质三维结构的最可能氨基酸序列比对。此外，利用这种新生成的 SDSA，UniTS 可计算叠加蛋白质结构的改进质量评估分数（例如 RMSD 等）。尽管已经开发了其他算法来利用原子接近度从对齐的蛋白质三维结构中得出氨基酸序列比对，但这些算法都无法适当地管理多个残基匹配、防止残基的错误排序并按顺序对齐结构非保守区域。UniTS 弥补了基于残基概况的 SDSA 程序和结构比对程序固有的弱点。与用作线程和同源性建模前体的基于残基概况的 SDSA 程序不同，UniTS 是真正依赖于结构的。结果：本文提供的结果表明，与从结构比对程序中得出的部分序列比对相比，UniTS 计算了完整蛋白质的通用序列比对。此外，这些结果证明了 UniTS 能够细化叠加程序中的序列比对输入，并利用这种细化的比对来计算改进的结构质量评估分数。最后，质量分数生成能力