基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

变异图谱构建用于检测二维分布上基因组的对称特性

Jeffrey Cheng、张伟琼、Jin Luo3、Wei Zhou1 和 Veronica Liesaputra

可视化方法在人类基因组计划中发挥了关键作用。在其他国际项目（如 ENCODE）中得到进一步发展后，建立了大量的基因组数据库，并开发了大规模全基因组基因表达测量。在当前情况下，有必要将计算细胞生物学的目标从收集顺序数据转移到进行更高级别的解释和探索有效的基于内容的基因组检索机制。哺乳动物基因组编码数千个大型非编码 RNA（lncRNA），其中许多调节基因表达，与染色质调控复合物相互作用，并被认为在将这些复合物定位到整个基因组的目标位点方面发挥作用。使用高维可视​​化工具，可以将它们复杂的交互属性组织成不同的可视化图。本文系统地提出了一种新兴方案——变体图构建 VMC，以应用使用四个元符号作为 DNA 或 RNA 表示的多个图。描述了 VMC 上关键组件和核心机制的系统架构。讨论了关键模块、相关方程及其 I/O 参数。利用VMC系统对两个包含多个真实序列的DNA数据集进行测试，以展示它们在二维图谱中相关DNA序列之间更高层次的内在关系中的可见属性。对可视化结果进行了简要分析，以探讨变体图谱构建的二维图谱下相关基因组序列的内在属性和对称性特征。包括一组示例二维图谱，并说明了它们在不同可控环境下的特性。