药物基因组学和药物蛋白质组学杂志

抽象的

NGS-HERC 分析的 DNA 分离方法验证

瓦尼亚·拉什恰内茨

背景目的：肿瘤学中的下一代测序 (NGS) 从高质量的起始样本材料开始，以获得可靠的 NGS 结果，然后进行准确的数据分析。在这里，我们对从同一样本中分离 DNA 的三种不同方法的制造商数据进行了简短验证，其中 DNA 的产量与淋巴细胞数量相关。方法：从转诊在 Illumina MiSeq 平台上进行 NGS 遗传性癌症组合 (HERC) 测试的患者中采集全血样本到 EDTA 管中。我们提供了 30 名患者的数据。在 Sysmex XN-1000 分析仪上测定淋巴细胞数量。使用 Qiagen 试剂盒 QiaAmp DNA Blood Mini Kit 从 200 µL 全血或白膜中分离 DNA，并使用 QIAcube 从全血中分离 DNA。使用 NanoDrop™ Lite 分光光度计和 Qubit4 测量浓度。结果：根据获得的结果，我们建立了使用最佳 DNA 分离方法对肿瘤患者进行 NGS 分析的方案。我们比较了三种不同起始样本和方法的 DNA 浓度。如果淋巴细胞计数低于 1.0 x 109/L，最佳样本为白细胞层和 QiaAmp 方法。如果淋巴细胞计数在 1.0 和 2.5x109/L 之间，最佳样本为全血和 QiaAmp 方法。如果淋巴细胞计数高于 2.5x109/L，可以进行 QIAcube 分离以获得高质量 DNA 和最低 30 ng/µl DNA 浓度，足以进行后续的 NGS 分析。结论：考虑到肿瘤患者淋巴细胞数量可能较低，我们使用不同的起始样本和方法开发了 DNA 分离的最佳方案，以确保有效的 DNA 样本用于 NGS 分析。