基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

使用 R 和 Bioconductor 实现高通量基因组数据的可视化

鲁奇·亚达夫和普拉奇·斯里瓦斯塔瓦

DNA 微阵列技术旨在同时测量特定细胞或组织中许多基因的 mRNA 水平。分子生物学中的微阵列会产生大量数据集，需要严格的计算分析才能提取生物信息，从而得出一些结论。从微阵列芯片的打印到杂交和扫描过程，数据质量都会发生变化，导致实际信息丢失或过度表达。计算分析在处理微阵列结果中嵌入的生物信息以及比较不同条件下不同样本获得的基因表达结果以进行生物学解释方面起着重要作用。微阵列基因表达数据的质量控制和可视化是一项基本但具有挑战性的任务。最流行的微阵列分析平台之一是 Bioconductor，这是一个基于 R 编程语言的开源和开放开发软件项目，用于分析和理解基因组数据。本文介绍了使用 GEO 数据库 GSE53890 中的数据对 Affymetrix 基因芯片进行质量评估的具体程序，并结合可视化图描述了 bioconductor 的质量控制包，以供详细分析。本文对于从事 affymetrix 芯片质量控制分析以及科学解释的微阵列分析的任何研究人员都有帮助。